주인공, 소년은 서울 외곽의 Y시에서 태어났다. 소년에게는 조상들에게 물려받은 선산, 토지를 제법 소유한 외조부가 있었다. 그 외조부가 물려받은 선산이 신도시 도시 개발 계획에 들고, 미리 신도시 계획을 안 무리들이 외조부에게 토지를 매매하라고 권유하지만 외조부는 거절한다. 이후 외조부는 간첩 조작 사건에 연루되어 용공 세력들의 활동 자금을 댄 것으로 용공 세력으로 몰리고, 끌려가 몸이 으스러져 폐인이 되고 의문사를 당한다. 그런 과정에서 소년의 이모는 실종된다.

소년의 아버지는 경찰관, 경사다. Y시의 변두리, 별 볼 일 없는 파출소의 차석으로 민중의 지팡이로서의 자부심이 강한 인물이다. 소년의 아버지는 위에서 덮은 외조부가 의문사한 사건의 궤적을 추적하며 수사한다.

그러던 어느 날, 소년의 아버지는 평상시와 같이 근무를 하다가 삼도 경계선의 다리에서 음주 차량을 적발한다. 운전자는 음주 측정을 거부한다. 운전자와 일행은 별장으로 놀러 온 ‘블루 하우스’의 사람들이었다. 파출소 소장과 차석인 소년의 아버지는 탑승자 세 명을 전원 파출소로 연행한다. 그러나 곧이어 연락을 받은 검은 양복을 입은 사내들에 의해 음주 운전자들은 풀려나고 블루 하우스에 있는 이들에게 어처구니없게도 괘씸죄에 걸려 파출소 소장과 차석인 소년의 아버지는 폭행과 굴욕을 당한다.

그리고 며칠 후, 녹화 사업의 일환으로, 괘씸죄에 걸린 소년의 가족과 파출소 소장의 가족들은 총을 들고 방역복을 입은 사내들에 의해 감염병 바이러스 연구소로 강제 이주당해 한센병 집단 수용 지역으로 수용된다. 그곳에서 소년은 유년 시절의 갖은 역경을 겪는다.

소년의 어머니는 승려인 소년의 삼촌에게 비밀리에 연락하여 미감아인 소년을 구해 달라고 부탁한다. 승려인 삼촌은 대구 모 사찰의 주지일 때 만났던 군부 세력의 실세인 2인자의 부인이었던 보살에게 찾아가 청탁을 한다. 그렇게 삼촌, 지효 스님은 소년만 한센병 집단 거주 지역에서 겨우 빼낼 수 있었다. 주인공 소년은 한센병 집단 거주 지역을 빠져나와 거처를 관음사로 옮긴다.

효당 지월 노스님의 상좌가 된 소년은 ‘해인’이라는 법명을 받는다. 소년은 가호적과 주민등록증도 새로 만들어 신분 세탁을 하고 사찰에서 무탈하게 성장해 고3이 된다. 살아 있는지 죽어 있는지 아침이면 문을 열고 들여다보던 노스님이 돌아가시고 노스님은 해인에게 4년 치의 대학 등록금과 함께 추사 김정희의 난蘭 그림을 유산으로 전해 준다. 해인은 의대에 들어가 승려 의사가 되고 싶었다. 그러나, 사형 성운은 그 노스님에게 물려받은 통장과 도장, 추사의 난 그림을 가지고 도망을 간다.

그쯤 해인은 괴로움으로 울다 큰 사형 성운 스님의 은처, 자비행 보살의 딸, 반야 지혜를 아무도 몰래 사랑한다. 세상은 바람 불고 춥고 어두웠다. 숨겨야 하고, 비밀스러워야 하는 절집 사랑, 만남에 세 살 어린 유년 시절부터 같이 자란 지혜는 늘 해인을 안타까워한다.

빈털터리가 되어 실망한 해인은 괴로워하다 도망치듯 3년, 천일을 기약하고 무문관 선방으로 들어간다. 그렇게 산 나그네, 선방 나그네가 된 해인은 어느덧 30대 중반이 되고, 삼촌, 지효 스님의 위독함을 전보로 받는다. 지효 스님은 죽기 전에 남산 타워에 올라가 보고 싶다는 말을 한다. 어이없고 황망해하던 해인은 삼촌의 말을 들어주기로 한다. 남산 타워와 청계천을 구경시켜 준 해인은 삼촌 지효 스님과 쓰러질 듯 서울역 지하도로 들어가 노숙 생활을 한다.

삼촌은 승복을 버리고 노숙자들에게 얻은 옷을 입고 야인으로서 지하도에 앉는다. 그리고 역 광장에서 노숙자들이랑 술을 마시다 입적한다. 그때 같은 노숙자가 준 불온서적을 소지한 죄로 인해 긴급조치 위반으로 구류를 살고 나온 해인은 사제 스님인 도연의 도움으로 무연고 사망자인 삼촌의 시신을 찾아 동해안 바닷가로 가서 엄마 아빠의 유골로 만든 염주까지 배를 빌려 바다에 던져 준다. 그리고 서울로 돌아오는 과정에서 교통사고를 당하고 실명한다.

몸을 뒤척이게 하는 오랜 병상 생활로 꿈틀거리던 해인에게 사제 스님인 도연과 배우가 된 지혜는 극진히 병간호를 한다. 각막에 손상을 입어 두 눈을 잃은 해인은 살아 있는 게 악몽이라며 어찌할 수 없음에 버둥거리며 자살을 시도하지만 실패한다. 결국 운명을 받아들이고 먹먹해진 채 병상 생활을 이어가고 마침, 같은 중환자실에 입원했던 환자의 지정 각막 기증으로 각막 이식수술을 한다. 그러나 국립 재활병원의 3개월 입원 기간 제한으로 만신창이가 된 해인은 강제 퇴원을 당해 국립 재활원을 나온다.

해인은 병상 생활 중 한 불자인 간호사를 만난다. 간호사는 해인에게 자신의 오빠라며 한 불자를 소개해 준다. 그는 국가 기밀 기관의 차장으로 은퇴한 국가 고급 정보원이었다. 해인은 그에게 그간 일어난 자신의 개인사를 조사하게 한다. 그에게서 그간 불행에 얽힌 두 가족사의 비화를 들을 수 있게 된다.

한센병 집단 거주 지역에 있을 때 다리를 저는 한 친구, 박문수가 맞는 걸 보고 ‘형들 때리지 마’ 하고 나섰던 게 이 모든 불행의 단초였다. 그 친구는 바로 아버지와 함께 감염병 바이러스 연구소로 강제 이주 당한 아버지의 선배, 파출소 소장의 아들이었다. 그러나 자신들을 구해 준 은인이었던 해인의 눈을 멀게 해 어둠의 나락으로 떨어지게 한 교통사고 유발자가 바로 어릴 적 양명원에서 탈출시켜 주었던 친구인 박문수의 동생 박보현이었다. 모두 다 세상의 운명을 이기지 못한 것이다.

한편, 사형인 성운 스님이 훔쳐간 돈으로 절을 지어 불사를 하기로 한 땅을 해인의 명의로 매입한 사실도 국가 고급 정보원이었던 이에게 확인한다. 그러나 ‘지금 너에게 가장 시급한 일은 마음을 비우고 마음을 닦는 일이다.’라던 은사 스님의 말씀을 떠올리고는 ‘비승비속으로 인연으로 빚어진 이 모든 인과因果는 실존實存이다’라고 하며 평생 크지 않은 오두막 같은 절을 짓고 기도하며 살기로 결심한다.

해인은 아버지와 함께 한센병 집단 거주 지역으로 내몰렸던 친구 문수가 암에 걸려 죽음에 임박했다는 소식을 듣고 찾아간다. 비가 내리는 데도 해인은 대학로 S병원에 입원해 있다는 친구 박문수를 찾아가 면회를 하고 교통사고 가해자이면서 실명의 원인이 되게 한, 뺑소니를 쳤던 박문수의 동생 박보현에게 자수를 권하고 나온다. 병원을 나오던 해인은 ‘그래. 우리 인간은 생로병사를 피할 수 없지’라고 생각하고 길바닥에서 충격을 받은 뒤 갑자기 눈이 벌에 쐰 듯 통증을 느끼다가 눈을 뜨는 것으로 소설은 끝이 난다.

​